Kwaczała należała do parafii Wszystkich Świętych w Babicach. W latach 60-tych XX wieku (1966-1973)?, gdy proboszczem parafii Babice był ks. Jan Sikora sprawowano Mszę św. w Kwaczale co drugą niedzielę miesiąca w kaplicy znajdującej się przy ulicy Kard. Stefana Wyszyńskiego, a w piątą niedzielę miesiąca w kaplicy przy ul. Widokowej. Od 1973 r., gdy proboszczem parafii Babice był ks. Marian Budzyk sprawowano Mszę św. w kaplicy przy ul. Kard. Wyszyńskiego w każdą niedzielę. Jednak od lat mieszkańcy Kwaczały marzyli o tym, by na kwaczalskiej ziemi stanął kościół. Podczas wizytacji kanonicznej babickiej parafii w roku 1975 ówczesny metropolita krakowski kard. Karol Wojtyła odwiedził Kwaczałę. Zapisał wtedy w swoich notatkach, iż widzi potrzebę budowy kościoła w Kwaczale. Społeczność lokalna rozpoczęła usilne starania o uzyskanie pozwolenia na budowę kościoła i stworzenie samodzielnej parafii w Kwaczale.

W 1982 r. kard. Franciszek Macharski metropolita krakowski mianował ks. Stanisława Stopkę wikariuszem parafii Babice z myślą o tworzeniu duszpasterstwa w Kwaczale. Już od pierwszych chwil pobytu w Kwaczale ks. Stanisław Stopka angażował się w organizowanie pracy duszpasterskiej i przygotowywanie placu pod budowę nowej świątyni. Grunt pod budowę kościoła został pozyskany od sześciu właścicieli, ale największe zasługi miała pani Józefa Filipek. Od września 1982 r. zaczęto gromadzić materiał na budowę świątyni i plebanii starając się równocześnie o zezwolenie na budowę kościoła i plebanii. W okresie tym były duże trudności z pozyskiwaniem materiałów budowlanych na obiekty sakralne. W listopadzie 1982 r. w ciągu trzech tygodni przerobiono stodołę p. Józefy Filipek na kaplicę jako tymczasowy kościół. Na wiosnę 1983 r. przeprowadzono remont domu p. Józefy Filipek przystosowując go do pełnienia roli plebanii. 30 czerwca 1983 r. ks. Stanisław Stopka został mianowany Rektorem Kościoła w Kwaczale z obowiązkiem zamieszkania tam. w dniu 2 sierpnia 1983 roku uzyskano zgodę władz świeckich na utworzenie parafii Kwaczała.

15 sierpnia 1983 r. Kard. Franciszek Macharski arcybiskup metropolita krakowski wydał Dekret erekcji parafii św. Stanisława Kostki w Kwaczale (powyższy dekret obowiązuje od dnia 1 września 1983 r.). Pierwszym proboszczem parafii Kwaczała mianował ks. Stanisława Stopka. 1 września 1983 r. został poświęcony plac pod budowę kościoła, 28 września 1983 r. uzyskano pozwolenie na budowę, a już 6 października 1983 r. rozpoczęto roboty ziemne. 14 stycznia 1984 r. wniesiono do Urzędu Gminy w Alwerni pismo w sprawie cmentarza w Kwaczale. Wraz z wznoszeniem murów kościoła przystąpiono do budowy nowej plebanii (1985 r.) i przygotowanie cmentarza (1997 r.).

Ukoronowaniem wszystkich prac w kościele i wokół niego była konsekracja kościoła 29 października 2005 r., której dokonał ks. abp Stanisław Dziwisz metropolita krakowski. Dziś jesteśmy dumni, że mamy kościół w Kwaczale i świadomi, że dzieło to nie byłoby możliwe bez trudu i poświęcenia Księdza Proboszcza Stanisława Stopka. Ksiądz Proboszcz Stanisław Stopka pełnił posługę duszpasterską w naszej parafii 30 lat. Kard. Stanisław Dziwisz metropolita krakowski wizytując parafię Kwaczała napisał w kronice parafialnej: „Szczęść Boże Księdzu Stanisławowi i parafianom na dalsze lata. Księdzu Proboszczowi dziękuję za mądre prowadzenie parafii”. My również (parafianie) dziękujemy Księdzu Proboszczowi Stanisławowi Stopka tymi słowami. Ksiądz Stanisław Stopka zmarł 4 lutego 2013 r.

Od 11 lutego 2013 r. do 30 czerwca 2019 r. proboszczem parafii Kwaczała był ks. Marian Pietraszko. 

Od 1 lipca 2019 r. do 8 czerwca 2022 r. proboszczem parafii był ks. Mirosław Mężyński.

Od 15 czerwca 2022 r. do 18 sierpnia 2023 proboszczem parafii był ks. Mirosław Kubek.

Obecnie od dnia 20 sierpnia 2023 r. proboszczem parafii jest ks. Marcin Bętkowski.